創建は「建武三年（１３３６年）楠木正成、足利尊氏追討の命を奉じ、兵庫に出陣の途次、当脇浜に同志を集め休息せし時遥かに八幡宮を拝して湊川に下向した。

依って村民など其の跡地南宮川畔に八幡神社を勧請し、脇浜村の鎮守として尊崇怠りなし」と伝えられています。

また伝承によれば南宮は楠宮の木偏を後世脱せるもので、即ち楠が南になったものとも伝えられ、明治六年（１８７３年）に村社を列せられた。

社殿は昭和七年（１９３２年）９月、大々的に現在地に造営し、

さらに葺合の村社宇佐八幡神社を合祀し、社名を南宮宇佐八幡神社と改称しました。

去る平成七年の阪神淡路大震災による社殿、社務所等倒壊の甚大な被害を被りましたが、平成十一年九月に再建しました。

また「令和の御造替事業」として社殿の修繕を執り行い、令和五年九月に竣工しました。

現在は脇浜町・脇浜海岸通の鎮守と仰ぎ氏神と尊ばれております。